Podle použití se šachty při metodě mikrotunelování dělí na startovací (pracovní), cílové a průjezdné (mezišachty). Šachta slouží jako pracoviště pro osazení mikrotunelovacího stroje a pro vlastní ražbu. Sekundárně je možné šachtu využívat za provozu stoky jako revizní šachtu.

Startovací šachta je určená k umístění mikrotunelovacího stroje s příslušenstvím, k osazování trub, odtěžování zeminy a odvodňování stavebního díla. Cílová šachta je šachta na konci úseku mikrotunelovací trasy. Zde probíhá demontáž razicího stroje s příslušenstvím. Průjezdnou šachtu je možné použít v případě dlouhých protlačovaných tras. V tomto případě může sloužit pro plánovanou výměnu vrtných nástrojů nebo pro další údržbu na mikrotunelovacím stroji.